LES PNEUMOPATHIES BACTÉRIENNES

      I.            INTRODUCTION

1.    Définition:

§  Les pneumopathies sont des infections aigues du parenchyme pulmonaire.

§  Elles sont secondaires à des bactéries, virus, parasites, champignons.

   II.            RAPPEL EPIDEMIOLOGIQUE

1.    Agents pathogènes:

Pneumopathies communautaires	Pneumopathies nosocomiales
§  Streptococcus.pneumoniae+++ §  Haemophilus.influenzae §  Legionella.pneumophila §  Mycoplasma.pneumoniae §  Chlamydia.pneumoniae §  Chlamydia.psitacci §  Klebsiella.pneumoniae §  Bacille de Kock §  S.aureus, B.pertussis.	§  Pseudomonas.sp §  Acinetobacter.sp §  Entérobactéries §  Staphylocoque.aureus §  Bactéries anaérobies §  Légionella.pneumophila

2.    Réservoir :

Pneumopathies communautaires	Pneumopathies nosocomiales
§  Humain+++ §  Animaux	§  Humain §  Environnement +++

3.    Transmission :

§  Directe : aérienne, inhalation

§  Indirecte : inoculation/gestes invasifs

4.    Réceptivité :

§  Elle est fonction de l’importance de l’inoculum, de la virulence du germe et des  défenses de l’hôte 

5.    Facteurs de risque :

§  Ages extrêmes

§  Insuffisances respiratoires

§  Tabagisme, alcoolisme

§  Immunodépression

6.    Aspects épidémiologiques

§  Epidémique-sporadique

III.            PHYSIOPATHOLOGIE

§  Sur le plan anatomique, il est important de distinguer les voies aériennes supérieures septiques des voies aériennes inférieures sous-glottiques où la stérilité est de règle.

§  Il est nécessaire de distinguer les infections du parenchyme pulmonaire de celles des voies respiratoires basses. Les infections des voies respiratoires sont les bronchites (aigues ou chroniques). Elles sont le plus souvent d’origine virale mais, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydiae pneumoniae et Bordetella pertussis peuvent être responsables de ces manifestations. Le rôle des bactéries commensales des voies aériennes supérieures (S.pneumoniae, H.infleunzae et B.catarrhalis) demeure controversé.

§  Chez les patients atteints de BPCO, des bactéries résistantes (S.aureus, entérobactéries, P.aeruginosa) peuvent être sélectionnées au cours des antibiothérapies précédentes.

§  Les infections parenchymateuses sont les pneumonies ou pneumopathies et les abcès.

§  Après inhalation des germes il y aura ± destruction par les défenses naturelles (mécaniques, cellulaires, immunitaires) ces défenses sont courcircuité en cas d’inhalation (fausse route…), d’inoculation directe (fibroscopie…) et en cas de septicémie.

§  Lorsque ces défenses sont dépassées (inoculum important, surinfection sur infections virales, stase bronchique, froid), il y aura multiplication bactérienne + sécrétion enzymatique + capsule (bactéries capsulées : pneumocoque). Ceci entraine une inflammation et une destruction cellulaire de l’épithélium respiratoire           Alvéolites qui peut rester localiser ou s’étendre vers le tissu interstitiel (pneumopathie aigue ou chronique).

IV.            ASPECTS CLINIQUES

Pneumopathie aigue franche lobaire	Pneumopathie intersititielle
§  Typique, fréquente §  39°C-40°C + frissons §  Signes respiratoires+++ : toux, expectorations purulentes, dyspnée, douleurs thoraciques. §  Imagerie : opacité lobaire systématisée §  Complications : pleurésie, abcès de poumon, sepsis.	§  Atypique §  38,5°C-39°C §  Signes généraux +++ §  Signes respiratoires §  Signes extrarespiratoires §  Syndrome interstitiel : opacités nodulaires mal systématisées.

  V.            DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

1.    Indications :

§  Pneumopathies graves nécessitant une hospitalisation

§  Echec  d’une antibiothérapie probabiliste

§  Terrains fragiles

§  Pneumopathies nosocomiales

2.    Eléments d’orientation :

§  Age

§  Vaccinations ultérieures

§  Terrain : BPCO, alcoolisme, immunodépression, splénectomie, toxicomane IV

§  Profession (contact avec les oiseaux)

§  Prise d’antibiothérapie (bêta-lactamines +++)

v Germes à recherche en fonction du terrain :

§  B.P.C.O : Pneumocoque, H.influenzae, K.pneumoniae, S.aureus.

§  Ethylisme : Pneumocoque, K.pneumoniae, anaérobies.

§  Ages extrêmes : Pneumocoque, H.influenzae, S.aureus, Streptocoques pyogènes.

§  Adulte immunocompétent : Pneumocoque, M.pneumoniae

§  Immunodepression : pneumocoque, H.influenzae, P.aeruginosa, S.aureus, Nocardia.

§  Pneumopathie inhalation : Anaérobies, entérobactéries flore endogène.

v Problèmes du diagnostic bactériologique :

§  Germes fragiles

§  Contamination par la flore commensale

§  Association de plusieurs germes : P. nosocomiales +++

§  Bactéries difficilement cultivables.

v Démarche diagnostic bactériologique :

3.    Prélèvements :

§  Respiratoires +++ (expectorations, AET, CDP, BDBP, LBA)

§  Hémocultures

§  Prélèvement ORL

§  Sérum

§  Urines (détection d’Ag solubles de pneumocoque et L.pneumophila)

§  La qualité du prélèvement conditionne la qualité des résultats

§  Il faut éviter la contamination du prélèvement

§  Transport immédiat dans un tube stérile.

§  Pour des cas simples, chez des patients ayant un état général conservé, l’analyse bactériologique des expectorations convenablement recueillies et lavées peut fournir des résultats acceptables. En revanche, si le processus infectieux présente un caractère vital, la réalisation d’un prélèvement fiable : aspiration endotrachéale, mini LBA, brossage distal protégé ou cathéter distal protégé sera nécessaire, il en est de même si une étiologie à bactérie anaérobie est suspectée.

a.     Expectoration (ECBC):

§  L’expectoration est le seul prélèvement respiratoire réalisé par patient, il doit être réalisé :

Ø  A jeun ;

Ø  Après rinçage buccodentaire à l’eau distillée stérile ;

Ø  Après un effort de toux ou après kinésithérapie.

§  Le prélèvement est recueilli dans un tube à fond conique. L’exudat produit doit provenir d’une origine profonde et ne pas être un exsudat rhinopharyngé contaminé par la salive.

§  Le prélèvement doit répondre à des critères pour être utilisable.

b.     Fibro-aspiration et aspiration endotrachéale (AET) :

§  Elle est réalisée lors d’une fibro-bronchoscopie chez les malades atélectasiques (nourrissons).

c.      Cathéter distal protégé :

§  L’aspiration bronchique à l’aide d’un cathéter distal protégé est réservée aux malades intubés et ventilés à lésions bilatérales.

§  Fait à l’aveugle.

d.     Brossage distal bronchique protégé :

§  Cette technique associe les avantages de la fibroscopie, prélèvement dirigé au niveau du foyer infectieux et de l’aspiration trachéale, par ailleurs elle permet de limiter la contamination par la flore pharyngée du fait de la protection de la brosse par un double cathéter obturé d’un bouchon amovible terminal qui est introduit par le canal du fibroscope.

e.     Liquide broncho-alvéolaire (LBA) et mini-LBA :

§  Réalisé sous fibroscopie.

§  Le LBA est plus particulièrement destiné à la recherche de virus (cytomégalovirus), de parasites (Pneumocystis carinii), de champignons (levures), mais aussi à la recherche de certaines bactéries (légionelles, Nocardia, actinomycètes).

f.       Autres prélèvements :

§  Tubage gastrique : réservé surtout à la recherche de mycobactéries

§  Biopsies pulmonaires

§  Aspirations naso-pharyngées : recherche de chlamydiose

4.    Eléments non bactériologiques du diagnostic :

§  L’examen cytologique des expectorations est important pour valider le caractère profond du prélèvement et permet ainsi d’éliminer ceux dont l’origine salivaire est certaine. Les critères retenus sont détaillés dans le tableau 1.

5.    Diagnostic direct :

a.     Aspect macroscopique : couleur consistance :

§  Purulent

§  Muco-purulent

§  Hémorragique      

§  Visqueux

§  Salivaire

§  Odeur fétide

§  Présence de grain

b.     Traitement des prélèvements au laboratoire :

§  Décontamination (ECBC, Prélèvement transtrachéal +++) : rinçage/eau physiologique stérile

§  Fluidification (N-acetyl-cystéïne 30 min 37°)

§  Dilution /eau physiologique stérile au 1/10 ou 1/100 pour faciliter dénombrement des  colonies (PDP)

c.      Ensemencement :

§  A l’aide d’une oese calibrée (10ul) +/- dilution : dénombrement des colonies par ml (ensemencer en étoile)

§  Milieux :

Ø  GS (+ optochine/bacitracine),

Ø  Chocolat,

Ø  Chapman (Staph)

Ø  GS+ acide nalidixique en anaérobiose

Ø  Sabourauld (levures)

§  Autres milieux :

Ø  CYE, BCYE (L. pneumophilia)

Ø  Coletsos, lowenstein (mycobactéries)

d.     Incubation :

§  37° (18-24h) + 5% CO2

e.     Examen direct : culot de centrifugation

§  Etat frais :

Ø  Germes, levures, filaments mycéliens, cellules (buccales, pharyngées, bronchiques, alvéolaires, macrophages, PNN, GR)  Apport MGG

§  Gram :       

Ø  Cocci gram + en diplocoque (pneumocoque)

Ø  BGN polymorphes (H.influenzae)

Ø  BGN : Entérobactérie, Pseudomonas

Ø  Coccobacilles Gram - : Acinetobacter

Ø  Préciser caractère monomorphe : pathogène

§  Ziehl nelson : BAAR

f.       Dénombrement-identification :

§  Critères d’identification :

Ø  Poussent milieux ordinaires, sélectifs

Ø  Aspect colonies

Ø  Gram

Ø  Oxydase, catalase

Ø  Galerie classique, galerie API, exigence en facteur X et V

§  Dénombrement des colonies :

Ø  Exemple : 100 colonies          10µl          104 UFC/ml

g.     Antibiogramme :

§  Obligatoire- CA-SFM

h.     Détection des Ag solubles :

§  Détection plus précoce des infections pulmonaires

§  Prélèvements :

ü  Expectorations, secrétions purulentes respiratoires, urines, LCR, sérum

§  IFD :

ü  L.pneumophila

ü  Mycoplasma.pneumoniae

ü  C.pneumoniae/ psitacci

ü  C.burnetti

§  ELISA, agglutination/des particules de latex sensibilisées par des AC monoclonaux :

ü  S.pneumoniae

i.        Détection du génome :

§  Pour les germes dont la culture est délicate.

§  PCR, PCR en temps réel +++

ü  L.pneumophila

ü  Mycoplasma.pneumoniae

ü  C.pneumoniae/ psitacci

ü  C.burnetti

ü  B.pertusis

6.    Diagnostic indirect :

§  Rétrospectif

§  Utilisé lorsque le diagnostic direct est difficile

§  Il faut 2 sérums à 15j d’intervalle

§  Séroconversion : IgM (+) / Multiplication du taux par 4

§  Techniques :

ü  ELISA

ü  IFI

ü  Fixation du complément

§  Bactéries recherchées :

ü  M.pneumoniae

ü  L.pneumophila

ü  C.pneumoniae/ psitacci

ü  B.pertusis : intérêt : recherche des IgA : si (+) : infection récente, si absent : sujet vacciné.

7.    Diagnostic étiologique

a.     Pneumocoque :

§  Il est responsable de 50% des pneumopathies aigues

§  C’est un CGP en diplocoque, capsulé, immobile, en flamme de bougie

§  Sur gélose au sang : colonies transparente, ronde, 1mm, hémolyse α

§  Catalase (-), sensible à l’optochine, lyse bile (+)

§  Ag capsulaires : technique d’agglutination (expectoration, urine, LCR, sérum)

§  Antibiogramme :

ü  Inoculum important 108 UFC/ml

ü  Gélose au sang

ü  Interprétation de la sensibilité aux bêta-lactamine en fonction du diamètre de l’oxacilline (>26 : S/ <26 : PDSP (CMI))

b.     Haemophilus.influenzae :

§  Responsable des pneumopathies aigues

§  Petit BGN, polymorphe, capsulé, immobile

§  Culture :

ü  Gélose chocolat polyvitex

ü  Colonies muqueuses ou lisses

ü  Exigence en facteur V+X + satellitisme avec le S.aureus

§  Galerie NH

§  Ag capsulaire : technique d’agglutination latex, ELISA

§  Antibiogramme :

ü  Inoculum 106 UFC/ml

ü  Détection de bêta-lactamase par le disque de nitrocéfine (céfinase ®)

c.      Legionella.pneumophila

§  Responsable de légionellose (pneumopathie atypique)

§  Transmission : hydrique par inhalation

§  BGN, court, mobile, aérobie +++

§  Culture :

ü  Milieu BCYE 2-15j

ü  Colonies en tête d’épingle à la loupe binoculaire

§  Ag solubles : pour L.P sérotype 1

§  PCR

§  Sérologie importante +++ LP1

d.     Mycoplasma.pneumoniae :

§  Agent Eeaton

§  Responsable de pneumopathies atypique

§  Bactérie sans paroi

§  Non visible au MO

§  Culture : milieu Hayflick

§  Diagnostic surtout :

ü  IFD

ü  PCR 

ü  Sérologique

e.     Chlamydia.pneumoniae/psittaci

§  Responsable de pneumopathie atypique

§  2 formes :

ü  Corps élémentaire : infectieux

ü  Corps réticulé : intracellulaire

§  Bactérie intracellulaire obligatoire

§  Culture cellulaire

§  Diagnostic :

ü  IFD

ü  PCR 

ü  Sérologique

f.       Entérobactéries : K.pneumoniae, Enterobacter, Serratia, E.coli, Proteus

§  Responsables des pneumopathies nosocomiales, post-inhalation.

§  BGN : caractères communs des entérobactéries

§  Cultures :

ü  Milieu sélectif pour BGN : DCL

ü  Colonies muqueuses, bombées, lactose +

§  Identification : galeries classiques, API E

§  Antibiogramme : germes multi R BLSE

g.     Pseudomonas :

§  Responsable de pneumopathies nosocomiales

§  Aérobie

§  BGN non fermentant, oxydase (+), mobile

§  Culture : colonies pigmentées vertes, bleu

§  Antibiogramme : multirésistance naturelle et acquise

h.     Acinetobacter :

§  Responsable de pneumopathies nosocomiales

§  Coccobacille, immobile

§  Colonies bombées, oxydase (-)

§  Germe multirésistant

VI.            TRAITEMENT ET PREVENTION

1.    Traitement

a.     Pneumopathies communautaires non compliquées :

§  P.aigue franche :

ü  amoxicilline 1g ×3J pendant 10J ± macrolide si pas d’amélioration après 48H

§  P. interstitielle :

ü  Macrolide ou cycline ± amoxicilline

ü  Fluoroquinolone

§  Terrains à risque :

ü  C3G

ü  Amoxicilline + ac.clavulanique Inj

ü  + fluoroquinolone

ü  Hospitalisation

b.     Pneumopathies nosocomiales :

§   imipénème + amikacine

§  Vancomycine

2.    Prévention :

§  Vaccination : pneumocoque chez les sujets à risque

§  Mesures spécifiques de prévention contre les infections nosocomiales